Onde os arquivos são armazenados?

Oi,

Obrigado por nos contatar aqui sobre esta extensão.

os arquivos são armazenados na pasta de uploads?

Sim, ele armazena em wp-content\uploads\wpfd

Existe alguma conexão entre o plugin Media Folder e este?

Você pode importar arquivos de mídia na Configuração ativando a opção "Mostrar importação de arquivos" (uma imagem anexada). Você verá WP File downloadno painel direito. Para mais detalhes: https://www.joomunited.com/wordpress-demo/wp-file-download/

Espero que ajude!
Saudações,