Existe a possibilidade de aplicar um tema por categoria de arquivo?

Sim, você tem a opção de definir:

• Utilize um tema padrão em todos os plugins com parâmetros predefinidos (cores, tamanho do arquivo de exibição...)
• Escolha um tema por categoria e defina os parâmetros da categoria

Se você tiver vários usuários que utilizam o plugin, a primeira solução é manter um layout semelhante para seus arquivos em todos os seus sites WordPress.