Importação em massa de arquivos e pastas

Preciso fazer o upload de uma biblioteca enorme com 40.000 arquivos e 8.000 subpastas. Meu grupo gosta do formato da interface, pois permite visualizar a biblioteca mesmo com a estrutura de subpastas aninhadas, que é um tanto complexa.

Existe alguma maneira de fazer o upload em massa a partir de uma pasta raiz que contenha a estrutura de subpastas "categorias" e importar todos os arquivos?

Imagino que não exista esse método, então estou pensando em fazer engenharia reversa, analisando a estrutura das tabelas do WordPress e criando um script SQL para gerar os registros dessas tabelas. Se não houver uma maneira de fazer isso, poderiam me ajudar com a estrutura das tabelas?