Besteht die Gefahr, dass Inhalte verloren gehen?

Nein, das ist einer der Hauptvorteile der Verwendung einer benutzerdefinierten Taxonomie: Ihre Mediendateien und Medienlinks bleiben auf Ihrem Server unverändert.

Selbst wenn Sie das Plugin löschen, funktioniert der Medienmanager wieder normal und listet alle Ihre Medien auf.