¿Dónde se almacenan los archivos?

Hola,

Gracias por contactarnos aquí sobre esta extensión.

¿Los archivos se almacenan en la carpeta de cargas?

Sí, se almacena en wp-content\uploads\wpfd

¿Existe alguna conexión entre el complemento Media Folder y este?

Puedes importar archivos multimedia en Configuración activando "Mostrar importación de archivos" (una imagen adjunta). Luego, verás WP File downloaden el panel derecho. Para más detalles: https://www.joomunited.com/wordpress-demo/wp-file-dowload/

¡Espero eso ayude!
Saludos,