Где хранятся файлы?

Привет,

Спасибо, что обратились к нам по поводу этого расширения.

файлы хранятся в папке загрузок?

Да, он хранится в wp-content\uploads\wpfd

есть ли какая-то связь между плагином Media Folder и этим?

Вы можете импортировать медиафайлы в настройках, включив опцию «Показать импорт файлов (прикреплённое изображение)». После этого на правой панели WP File download. Подробнее: https://www.joomunited.com/wordpress-demo/wp-file-download/

Надеюсь, поможет!
С уважением,