Существует ли риск потери части контента?

Нет, это одно из главных преимуществ использования пользовательской таксономии: ваши медиафайлы и ссылки на них останутся неизменными на вашем сервере.

Даже если вы удалите плагин, медиаменеджер вернется в нормальное состояние, и все ваши медиафайлы будут отображаться в списке.