Есть ли риск потерять контент?

Нет, это одно из главных преимуществ использования собственной таксономии, ваши медиа и медиа и медиа ссылки останутся нетронутыми на вашем сервере.

Даже если вы удалите плагин, медиа-менеджер вернется в нормальное состояние со всеми вашими медиа в списке.