一部のコンテンツを失うリスクはありますか？

いいえ、これはカスタム分類法を使用する主な利点の1つです。メディアとメディアおよびメディアリンクはサーバー上でそのまま残ります。

プラグインを削除しても、メディアマネージャーはすべてのメディアがリストされた通常の状態に戻ります。